我正在使用配对末端全基因组测序的bamfile，并希望过滤掉未在适当对中映射的特定基因组区域的读数（这些有时表示结构变体）。我正在使用samtools，并尝试使用＆＃34;标记＆＃34;来过滤读取。选项，选择未映射到正确对中的读取。如果我是正确的，那么这些读取的标志值不应该为2。 （https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html）
然而，根据samtools，我的所有读数都没有映射到一个合适的对。当我计算（-c）我指定的区域中的所有读数，没有过滤器时，它给我的总计数为179：
samtools view input.bam "8:113483114-113483213" -c
179
当我过滤正确配对的读数时，即标志包含＆＃34; 2＆＃34; （-f 2），计数为零：
samtools view input.bam "8:113483114-113483213" -f 2 -c
0
我检查了读取是否被识别为配对（-f 1），并且配对是否被映射（-F 8），并且所有这些都是：
samtools view input.bam "8:113483114-113483213" -f 1 -F 8 -c
179
我也尝试过基因组中的其他区域，到处都遇到同样的问题。 我使用相同的BAM文件检查了IGV中的区域，IGV告诉我大多数读取都是正确配对的，只有少数不是。 有谁知道这里发生了什么？ BAM文件是否以不考虑正确配对映射的方式标记？
欢迎任何帮助！非常感谢。