lobSTR处理配对端BAM文件

Question

我使用软件lobSTR来处理配对端的bam文件。正如document所示，我应该在按读取名称排序的bam文件之前运行以下代码。

  

lobSTR \

     

- index-prefix hg19_v3.0.2 / lobstr_v3.0.2_hg19_ref / lobSTR_ \

     

-f my_sample.bam --bampair \

     

- rg-sample my_sample.sorted.bam --rg-lib my_sample \

     

- 输出my_sample_output

the above code's screenshot

我的问题是哪个bam文件在上面的代码的第三行和第四行中是正确的，bam是在排序之前还是在排序之后？

该文档显示在排序之前应该有bam文件，但我认为它应该是第三行中的已排序而不是原始bam文件。

此外，我认为第四行应该是标签而不是已排序的文件。

关于它的任何其他想法，任何人都可以解决我的困惑。