使用Cutadapt实现配对末端读取的自动化

Question

我正在尝试使用cutadapt自动化配对末端的读取，但是我仍然遇到相同的问题-适配器是从正向读取中修剪掉的，而不是从反向读取中修剪出来的。即使根据文档修改了代码，问题仍然存在。如果我仅修剪正向或反向，则可以，但是不能作为双端工作。

这是我的代码：

cat ids.txt | parallel 'cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA --interleaved {}_R1.fq.gz {}_R2.fq.gz | cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA --interleaved -o {}clipped_R1.fq.gz -p {}clipped_R2.fq.gz -'

是否有人提示如何修改此代码以使其正常工作？我在做什么错了？

Answer 1

请仔细检查cutadapt文档，其中有一章专门介绍了成对的末端对齐。您正在寻找-A。

您还搞砸了--interleaved参数：如果读取是交错的，为什么要给出两端？我不确定您要达到什么目的，但是我敢打赌，您还有一个额外的cutadapt调用。

我猜您正在尝试类似的事情：

cat ids.txt | parallel 'cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA -A <proper_adaptor> -o {}clipped_R1.fq.gz -p {}clipped_R2.fq.gz {}_R1.fq.gz {}_R2.fq.gz'