标签： python merge bioinformatics overlap threshold
我正在将Illumina配对末端读数与CASPER合并。出于某种原因，它适用于某些文件而不适用于其他文件。终端打印“杀死：9”。 9是os.system的返回值（我正在使用python）。我知道CASPER在以下情况下会停止合并：
重叠中存在太多的不匹配（即，错配率 超过用户指定的'放弃'阈值γ），CASPER不合并 阅读。
我已将CASPER与默认值选项一起使用。但我试图减少重叠长度，以减少可能的不匹配，但它不起作用。我尝试了相同的最佳重叠区域的不匹配率的阈值，它也失败了。