安装Bioconductor软件包

Question

我在我的ubuntu上安装了R（3.4.0）。我想使用EdgeR包。我尝试按照Bioconductor网站上提供的安装说明安装Bioconductor软件包。

我在R中使用了以下命令：

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

但是我收到以下错误：

    BioC_mirror: https://bioconductor.org
    Using Bioconductor 3.5 (BiocInstaller 1.26.0), R 3.4.0 (2017-04-21).
    installation path not writeable, unable to update packages: spatial

我是linux的新手，无法理解如何修复错误。

是否有任何机构知道如何解决问题。

Answer 1

如果不支持https：//网址，您可以尝试http：//

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")

Answer 2

您还可以使用 devtools ：

devtools::install_bioc("edgeR")