即使pdb退出，Biopython也无法下载文件

Question

我正在尝试使用python3的biopython自动下载pdbs。但是对于一些pdbs我遇到了404错误的问题。

urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found

一个例子，它不起作用但应该是：4YUU pdb文件退出数据库，我没有看到下载的pdbs biopython有任何差异。任何帮助将不胜感激。

使用代码：

import Bio
from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('4YUU')

Answer 1

4YUU的PDF格式文件确实不存在，goto http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4YUU用于4YUU（来自红色藻类的析氧光系统II的晶体结构），以及“显示文件”和“下载文件” “PDB格式条目的菜单显示为灰色。

如果不进一步研究，我会猜测这是一种非常大的蛋白质，或者还有一些其他东西无法用传统的基于旧文本的PDB文件格式表示。

尝试通过Biopython应该能够解析的网站下载PDBx / mmCIF文件。

请注意，Biopython的下一个版本（将是Biopython 1.69）已经更改了PDBList下载代码以支持此功能。