Question

我从pdb文件中解析了一个残留列表：

res_list=PDB.Selection.unfold_entities(Find_chain(par), 'R')

（Find_chain是一个选择我需要的链的函数），我正在对所有残差进行循环，计算每个残差的特定因子。但我还需要“resseq”（因为，如果我理解的话，它是pdb文件中报告的残留数）。如果我做

for residue in res_list:
   print residue

我得到了

<Residue SER het=  resseq=1 icode= >
<Residue GLN het=  resseq=2 icode= >
<Residue ALA het=  resseq=3 icode= >...

但是在“resseq”之后我找不到访问该号码的功能。我知道我可以操作字符串，但我想知道是否有一个Biopython函数以某种方式得到它！谢谢！

Answer 1

Residue对象有一个属性segid，一个带有 hetflag，resseq和icode 的元组，它们在创建时传递。所以我猜您可以通过以下方式访问resseq

resseq = residue.segid[1]

但＆＃34;对＆＃34;方法可能是使用get_full_id对象中的Entity方法，Residue继承了该方法：

resseq = residue.get_full_id()[3][1]

# OR if you need the chain, model or structure, load all of them to a variable

residue_id = residue.get_full_id()
resseq = residue_id[3][1]

Biopython PDB：获得resseq

1 个答案: