Biopython：如何获取蛋白质pdb文件的化合物名称？

Question

我一直试图用以下术语来解决它：

structure.header [ '化合物']

但我得到的只是分子id而不是它的名字！

Answer 1

为了获得晶体结构的名称，即PDB网站上显示的名称，您可以使用：

print(structure.header['name'])

e.g。 （假设您当前的工作目录中有1iah.pdb）

from Bio.PDB import *
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure('1IAH', '1iah.pdb')
print(structure.header['name'])

会给你

  

'trp的非典型蛋白激酶结构域的晶体结构   ca-channel，chak（adp-mg complex）'

与此处显示的名称相同：http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1IAH

更新以回应评论

为了获得化合物的名称，可以使用：

print(structure.header['compound']['1']['molecule'])

Answer 2

这可能是一个答案： http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ

keywords = structure.header['keywords']

  

可用键是名称，head，deposition_date，release_date，   structure_method，resolution，structure_reference（映射到列表   参考），journal_reference，作者和复合（映射到   关于结晶化合物的各种信息的字典。）