PDB BioPython-提取坐标

Question

我是Python新手，BioPython中是否有任何函数计算给定PDB文件的原子矢量，将坐标作为输入传递？

[OR]

是否有BioPython函数可以从PDB文件中单独提取坐标？

Answer 1

对于原子而言，这种方法被称为get_vector()。

from Bio.PDB import PDBParser


p = PDBParser()
s = p.get_structure("4K5Y", "4K5Y.pdb")                    

for chains in s:
    for chain in chains:
        for residue in chain:                             
            for atom in residue:
                print(atom.get_vector())

之后，您可以为记录here

的每个Vector对象提供一些方法