从PDB文件中提取坐标

Question

要从PDB文件中提取Atom行，我编写了下面的代码，当我运行程序时，该代码没有显示任何输出文件

print" Enter the file name";

$a=<>;

@arr=split(" ",$a);

if($i=0; $i< scalar @arr; $i++)

foreach $values(@arr)
{

    if($values=~/^ATOM/)
    {
        print FH1 $a;

        open(FH1,">>output.pdb")
    }
}

Answer 1

您不能将分割与PDB文本文件一起使用，因为字段是由位置定义的，而不是由分隔符定义的。见Coordinate File Description (PDB Format)。

相反，您应该为每个字段使用substr ($line,$start,$len) $start和$len的不同值（取自Coordinate File Description），或者依赖于其中一个可用的PDB解析器，例如Bioperl's。