Question

我有一个pdb文件（input.pdb），我想从文件中删除一些特定的部分，并在没有这部分的情况下将其写回（out.pdb），例如，read（input.pdb）从链H残留92中删除直到链H残留105然后将文件的其余部分（input.pdb没有删除部分）写入新文件（out.pdb）

Answer 1

以下是使用biopython的Bio.PDB包进行操作的示例。我们以结构1y26.pdb为例，因此我们必须首先加载它：

import Bio.PDB as bpdb

s = bpdb.PDBParser().get_structure('temp', '1y26.pdb')

start_res=20
end_res=30
chain_id = 'X'

这是有趣的部分。您创建了一个Bio.PDB.Select的子类，它告诉pdb输出类要保存哪些残差。对于结构中的每个残差，它将调用以下类的accept_residue方法，如果返回true则保存残差，如果返回false则跳过它。链ID也是如此。

class ResSelect(bpdb.Select):
    def accept_residue(self, res):
        if res.id[1] >= start_res and res.id[1] <= end_res and res.parent.id == chain_id:
            return False
        else:
            return True

最后，我们创建了实际保存的类，并将其传递给上面定义的选择类。

io = bpdb.PDBIO()
io.set_structure(s)
io.save('1y26_cropped.pdb', ResSelect())

这就是它，这就是全部。希望。

使用python从pdb文件中删除部件

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