Question

我需要使用biopython解析PDB文件，以便提取与α碳（CA）有关的每一行。这是我使用的代码

from Bio.PDB import *

parser=PDBParser()
io = PDBIO()

structure_2 = parser.get_structure('Y', 'A.pdb')

for l in structure_2:
   if atom.get_id() == 'CA':
       io.set_structure(atom)
       io.save("alpha.pdb")

我的想法是for循环将遍历PDB文件的每一行，并将与α碳（'CA'）有关的每一行写入名为alpha.pdb的新PDB文件中。以下是structure_2外观的简短预览：

ATOM      1  N   LYS A  35      -5.054  29.359  -1.504  1.00 61.86           N  
ATOM      2  CA  LYS A  35      -5.430  28.077  -0.842  1.00 61.30           C  
ATOM      3  C   LYS A  35      -4.188  27.450  -0.230  1.00 59.47           C  
ATOM      4  O   LYS A  35      -3.142  27.339  -0.875  1.00 59.94           O  
ATOM      5  CB  LYS A  35      -6.055  27.113  -1.860  1.00 63.54           C  
ATOM      6  CG  LYS A  35      -7.354  26.443  -1.409  1.00 65.88           C  
ATOM      7  CD  LYS A  35      -7.126  25.382  -0.339  1.00 66.83           C  
ATOM      8  CE  LYS A  35      -8.363  24.507  -0.172  1.00 67.47           C  
ATOM      9  NZ  LYS A  35      -8.010  23.158   0.355  1.00 68.07           N  
ATOM     10  N   TYR A  36      -4.293  27.093   1.042  1.00 56.18           N  
ATOM     11  CA  TYR A  36      -3.183  26.472   1.741  1.00 52.61           C  
ATOM     12  C   TYR A  36      -3.455  24.992   1.893  1.00 51.51           C  
ATOM     13  O   TYR A  36      -4.561  24.580   2.250  1.00 51.93           O  
ATOM     14  CB  TYR A  36      -2.986  27.111   3.117  1.00 49.10           C  
ATOM     15  CG  TYR A  36      -2.305  28.456   3.074  1.00 45.23           C

如您所见，相关信息（CA）在PDB文件的第三列中。每当我运行代码时，它都不会写入任何新文件，但不会给我任何错误。我在这里可能做错了什么？

Answer 1

在下面，您可以找到一个脚本，该脚本加载了蛋白质结构 1p49.pdb （来自脚本目录），然后对其进行解析并将仅阿尔法碳原子坐标保存到 1p48_out.pdb 文件

#!/usr/bin/env python3
import Bio
print("Biopython v" + Bio.__version__)

from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB import PDBIO

# Parse and get basic information
parser=PDBParser()
protein_1p49 = parser.get_structure('STS', '1p49.pdb')
protein_1p49_resolution = protein_1p49.header["resolution"]
protein_1p49_keywords = protein_1p49.header["keywords"]

print("Sample name: " + str(protein_1p49))
print("Resolution: " + str(protein_1p49_resolution))
print("Keywords: " + str(protein_1p49_keywords))
print("Model: " + str(protein_1p49[0]))

#initialize IO 
io=PDBIO()

#custom select
class Select():
    def accept_model(self, model):
        return True
    def accept_chain(self, chain):
        return True
    def accept_residue(self, residue):
        return True       
    def accept_atom(self, atom):
        print("atom id:" + atom.get_id())
        print("atom name:" + atom.get_name())
        if atom.get_name() == 'CA':  
            print("True") 
            return True
        else:
            return False

#write to output file
io.set_structure(protein_1p49)
io.save("1p49_out.pdb", Select())

使用Biopython解析PDB文件

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