我想使用函数“makeTxDbfromGFF”,它是GenomicFeatures包的一部分。到目前为止,这个函数完美地工作,我得到以下输出:
makeTxDbFromGFF("/file/to/gencode.v19.annotation.gtf", dataSource="Gencode", organism="Homo sapiens", format="gtf")
>Import genomic features from the file as a GRanges object ... OK
>Prepare the 'metadata' data frame ... OK
>Make the TxDb object ... Error in c(x, value) :
could not find symbol "recursive" in environment of the generic function
此功能适用于我的Mac,但不适用于我的Linux工作站。这里有一些细节我的会议:
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.1 LTS
我已经卸载了新版本1.26.3并安装了以前的版本(1.24.5),但是我得到了同样的错误。在我的Mac上,我使用版本1.26.2。
到目前为止,我的研究并不是很成功。我刚发现它可能是由于与其他软件/软件包有些不一致(?)。