Question

我在安装GenomicFeatures（R中的bioconductor包）时遇到问题，但我尝试安装的所有其他Bioconductor包都工作正常。 GenomicFeatures的错误是：

Error in setGeneric(f, where = where) :
must supply a function skeleton for ‘cols’, explicitly or via an existing 
function Error : unable to load R code in package ‘GenomicFeatures’

我搜索了这个错误，发现只有两个或三个链接（与其他R包有关），通常问题是由于安装了旧R，但我有一个相当新的。

我有R 3.0.0和biocond.v 2.13

在另一台使用R.3.0.0和biocond.v 2.12的计算机上安装OK。

我希望获得任何提示或指示，以便了解GF安装失败的原因。

我的环境和安装命令以及sessionInfo：

$ R

R version 3.0.0 (2013-04-03) -- "Masked Marvel"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.11.1), ?biocLite for help
> biocLite("GenomicFeatures")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.11.1), R version 3.0.0.
Installing package(s) 'GenomicFeatures'
trying URL 'http://bioconductor.org/packages/2.13/bioc/src/contrib/GenomicFeatures_1.13.8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 752535 bytes (734 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 734 Kb

* installing *source* package âGenomicFeaturesâ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Error in setGeneric(f, where = where) :
  must supply a function skeleton for âcolsâ, explicitly or via an existing function
Error : unable to load R code in package âGenomicFeaturesâ
ERROR: lazy loading failed for package âGenomicFeaturesâ
* removing â/scratch_local/ugdg_software/lib/R/library/GenomicFeaturesâ
* restoring previous â/scratch_local/ugdg_software/lib/R/library/GenomicFeaturesâ


> sessionInfo()
R version 3.0.0 (2013-04-03)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.UTF-8        LC_COLLATE=en_GB.UTF-8   
 [5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8  
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

[固定] 马丁说，今天发布的新版本（2013-06-02）解决了这个问题。

Answer 1

看起来你正在使用Bioconductor的'devel'版本（目前，Bioconductor版本2.13，来自上面的输出），并且你被前沿改变所困扰。 GenomicFeatures包有not built successfully几天，而通过biocLite提供的版本与其他可用包无法正常工作。我相信GenomicFeatures将在今晚成功建立，并将于6月2日星期日西雅图时间上午10点左右开始提供。

正确的问题是Bioconductor或Bioc-devel mailing list

无法安装bioconductor的GenomicFeatures包：“setGeneric中的错误”

1 个答案: