Question

很抱歉回答这么快就遇到一个简单的安装问题，但我自己无法解决这个问题严重影响了我的工作效率。无论如何，我尝试按BC网站的建议安装GenomicFeatures。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GenomicFeatures")

我收到以下错误消息（除了几条警告消息）

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

因此我猜测依赖项存在一些问题，但奇怪的是它们会在GF之前自动安装。我使用的是2.15.0版。关于问题可能是什么的任何线索？我很乐意根据需要提供更多信息。感谢。

Answer 1

Martin Morgan有一个我认为可以在评论中使用的解决方案。我会详细说明一下。

错误消息告诉您需要安装RCurl和XML包。这两个软件包都要求您的系统具有某些开发包。您似乎正在运行Linux。如果您使用的是基于Debian的系统（Debian，Ubuntu，Mint，...），那么要安装RCurl，您需要安装libcurl4-openssl-dev，并且要安装XML，您需要安装libxml2-dev。您可以通过键入

在命令行上相对轻松地完成此操作

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

那应该安装所需的包和任何依赖项。然后，您应该能够从R。

中安装RCurl和XML包

install.packages("RCurl")
install.packages("XML")

此时您具有所需的依赖关系，并且应该能够从Bioconductor安装GenomicFeatures。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicFeatures")

对于那些使用Windows的用户来说 - 获取RCurl和XML并不一定容易，但是，Brian Ripley博士在his website为这些软件包提供二进制文件，您可以从那里轻松下载它们。最初，当我看到RCurl和XML存在问题时，我认为它必须是Windows用户，直到我查看实际错误并意识到它是Linux用户。

GenomicFeatures包安装麻烦

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