在包GEOquery中使用getGEO（）时出错

Question

我在R中运行以下代码：

library(GEOquery)
mypath <- "C:/Users/Farzin/Desktop/BIOC"
GDS1 <- getGEO('GDS1',destdir=mypath)

但我收到以下错误：

Using locally cached version of GDS1 found here:
C:/Users/Farzin/Desktop/BIOC/GDS1.soft.gz 
Error in read.table(con, sep = "\t", header = FALSE, nrows = nseries) : 
  invalid 'nlines' argument

有谁能告诉我如何摆脱这个错误？

Answer 1

我使用GEOquery（版本2.23.5）与来自ubuntu（12.04）的R和Bioconductor，无论我查询的GDS文件有什么相同的错误。可能是GEOquery包有问题吗？

Answer 2

根据我的经验，getGEO非常挑剔。我经常遇到连接到GEO服务器的问题。如果在下载过程中发生这种情况，getGEO会留下部分文件。但由于部分文件存在，当您尝试重新下载时，它将使用此缓存的，部分下载的文件，并遇到您看到的错误（您想要的错误，因为它不是完整的文件）。

要解决此问题，请删除缓存的SOFT文件并重试下载。