如何使用GEOquery包提取样本标题（名称）？

Question

GEOquery是一个很棒的R软件包，用于检索和分析NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) database中存储的基因表达数据。我使用了GEO数据库GEO2R服务提供的以下代码（生成初始R脚本来自动分析您想要的数据），以提取一些GEO系列实验：

gset <- getGEO("GSE10246", GSEMatrix =TRUE)
if (length(gset) > 1) idx <- grep("GPL1261", attr(gset, "names")) else idx <- 1
    gset <- gset[[idx]]
gset # displays a summary of the data stored in this variable

问题是我无法从中检索样本标题。我找到了一些函数Columns()，它可以在GDS数据集上运行并返回样本名称，但不会返回GSE。

请注意我对样本加入ID（即GSM258609 GSM258610等）不感兴趣，我想要的是样本人类可读标题。

有什么想法吗？感谢

Answer 1

在

gset <- getGEO("GSE10246", GSEMatrix =TRUE)

gset是一个简单的列表，它的第一个元素是ExpressionSet，示例信息位于phenoData或pData，所以也许你正在寻找

pData(gset[[1]])

有关详情，请参阅?ExpressionSet。