使用getGEO下载GPL文件时出错

Question

使用OSX 10.11和R 3.3.0我使用GEOQuery包得到了这个错误：

library(GEOquery)
GSE56045 <- getGEO("GSE56045")

下载GSE文件但不下载GPL：

Error in download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) : 
  cannot open URL 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?targ=self&acc=GPL10558&form=text&view=full'

Answer 1

看起来GPL文件被重定向，并且GEOquery中自动设置的下载方法无法遵循重定向：setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')

我能够通过在R中运行它来实现它：options('download.file.method.GEOquery' = 'libcurl') 此外，我不得不删除旧的下载GPL文件 - 这只是重定向消息。使用destdir =作为getGEO命令，设置下载目录而不是查找临时文件更容易。