getGEO R计划

Question

大家下午好，

我一直在使用R Program，Bioconductor和GEO Query来分析几个NCBI GEO微阵列数据集。

我使用的当前R程序版本是版本3.4.1和版本3.4.4。在我的个人计算机和实验室计算机上可用于此R程序版本的Bioconductor版本是Bioconductor 3.6。

我在使用R程序中的“getGEO”命令功能时遇到了问题。每当我加载所需的所有必需包时，根据R程序的请求更新所有源，然后尝试使用getGEO上传微阵列表达集（GDS和GSE系列矩阵/ SOFT系列文件）， R程序回复说无法找到“getGEO函数”。

这个问题从昨天晚上开始，在使用GEOQuery，Bioconductor或R Program时从未发生过。

我在下面输入了我的编码：

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("GEOquery")
library(GEOQuery)
getPackageIfNeeded <- function(pkg){if(!require(pkg,character.only = TRUE))biocLite(pkgs=pkg)}
sapply(pkgs,getPackageIfNeeded)
library(Biobase)
library(limma)
library(affy)
gset <- getGEO("GSE69033", GSEMatrix =TRUE)
gse <- getGEO("GSE69033", GSEMatrix =TRUE)

问题：

1. R编程是否有某种程序更新到getgeO函数不再使用Bioconductor或GEOQuery？

2. 我的脚本或编码有问题吗？是否有遗漏或有什么东西不应该存在？

3. 在没有getGEO功能的情况下，是否有其他方法可将NCBI GEO微阵列数据集上传到R程序？

4. 您是否有人推荐MATLAB或Python的基因表达分析技术？如果是这样，您能否提及这些软件程序的编码脚本链接？

对我的问题有任何帮助或指示将不胜感激。非常感谢你，我很高兴能成为这个论坛的一员。