热图树形图基于R中的相关性

Question

我在R中有一个如下所示的热图：

col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10)
library("gplots")
heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column")

但后来我根据相关性进行了单独的聚类分析，结果如下：

library(Hmisc)
plot(varclus(qq,similarity="spearman"))

如何修改热图以使聚类与我对关联进行的聚类分析相同？我需要以某种方式修改heatmap.2函数（或者可能使用不同的函数）来基于皮尔森相关性。有什么想法吗？

Answer 1

尝试

col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10)
library("gplots")

library(Hmisc)
v <- varclus(qq,similarity="spearman")

devtools::install_github('talgalili/dendextend')
library(dendextend)

dend <- as.dendrogram(v) # comes from dendextend. The same as as.dendrogram(v$hclust)

heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column", Colv = dend)

（由于qq不存在，我无法重现图像）