创建包含三列的过渡图

Question

我的数据由多个类（在本例中为三个类）的测试对象组成，但类别因三个时间点而异：基因型，早期表型和晚期表型阶段。

以下是示例数据：

genotype<-cbind(c(rep("A",100),rep("B",100),rep("C",100)))
early_phenotype<-cbind(c(rep("A",75),rep("B",75),rep("C",75),rep("A",75)))
late_phenotype<-cbind(c(rep("A",50),rep("B",100),rep("C",100),rep("A",50)))
df<-cbind(genotype,early_phenotype,late_phenotype)
df<-as.data.frame(df)
colnames(df)<-c("genotype","early_phenotype","late_phenotype")

我想制作通常所说的过渡情节＆＃34;。我得到的最接近的是：

library(Gmisc)
transitionPlot(table(df[,1:2]), txt_start_clr = "black", txt_end_clr = "black", fill_start_box = "white", fill_end_box = "white")

......产生这个情节：

但我正在努力实现这个情节所没有的两件事：

1. 我想要两列以上，在本例中有三列：基因型，早期表型和晚期表型。在这个例子中，它看起来像这样（我在Photoshop中实现了这一点，而不是在R中）

2. 我宁愿有多个带有抖动/透明度的箭头，而每个箭头代表一个单独的观察，而不是单个箭头具有连接两个盒子的不同重量，并且看起来像这样：

有什么建议吗？

P.S。我并不十分关心盒子的弯曲边缘或花哨的阴影。

Answer 1

  

  
1. 我想要两列以上，在本例中为三列
  
2. 而不是连接两个不同重量的单个箭头   盒子，我宁愿有多个箭头
  

也许尝试使用igraph：

m <- sapply(1:3, function(x) paste0(df[, x], x))
el <- rbind(m[, 1:2], m[, 2:3])
library(igraph)
g <- graph_from_edgelist(el)
coords <- layout.norm(t(sapply(strsplit(V(g)$name, ""), function(x) as.numeric(c(-match(x[1], LETTERS), x[2])))))
plot(g, layout=coords[, 2:1])