创建三态马尔可夫链图

Question

我有以下数据框架：愤怒，平静和疲惫。下面的数据框提供了将一个州转变为另一个州的个别案例。

pre<-cbind(c(rep("tired",100),rep("angry",100),rep("calm",100)))
post<-cbind(c(rep("tired",50),rep("angry",70),rep("calm",100),rep("tired",80)))
df<-cbind(pre,post)
df<-as.data.frame(df)
colnames(df)<-c("pre","post")

我想要达到的目标是建立一个马尔科夫的三个州的连锁情节，这个州也被称为＆＃34; playground＆＃34;看起来像这样：

我如何在R？中做到这一点？

提前致谢！

Answer 1

我们可以使用markovchain中的plot方法使用diagram包。

让我们首先从df

计算转移概率矩阵

states<-c("tired","angry","calm")

probsCase<-function(i,j){
  sum(as.character(df$pre)==states[i] & as.character(df$post)==states[j])/sum(as.character(df$pre)==states[i])
}

transitionMatrix<-outer(1:3,1:3,Vectorize(probsCase))
colnames(transitionMatrix)<-states
rownames(transitionMatrix)<-states

现在使用markovchain初始化并绘制矩阵

library(markovchain)
markovChain <- new("markovchain", states=states, transitionMatrix=transitionMatrix)
plot(markovChain,package="diagram")

编辑：

如果您在安装markovchain软件包时遇到问题，我们实际上无法使用它并直接使用diagram软件包，只需要transitionMatrix

library(diagram)
plotmat(transitionMatrix,relsize=0.7)

然后，您可以使用plotmat

中的选项根据您的口味调整外观