Question

我在列中有一个文本，我想建立一个马尔可夫链。我想知道有一种方法可以为状态A，B，C，D构建马尔可夫链，并生成具有该状态的马尔可夫链。有什么想法吗？

A<- c('A-B-C-D', 'A-B-C-A', 'A-B-A-B')

Answer 1

如果要根据数据计算MLE的转移概率矩阵（行随机），请尝试：

A <- c('A-B-C-D', 'A-B-C-A', 'A-B-A-B', 'D-B-C-A') # the data: by modifying your example data little bit
df <- as.data.frame(do.call(rbind, lapply(strsplit(A, split='-'), function(x) t(sapply(1:(length(x)-1), function(i) c(x[i], x[i+1]))))))
tr.mat <- table(df[,1], df[,2])
tr.mat <- tr.mat / rowSums(tr.mat) # make the matrix row-stochastic
tr.mat

  #           A         B         C         D
  # A 0.0000000 1.0000000 0.0000000 0.0000000 # P(A|A), P(B|A), P(C|A), P(D|A) with MLE from data
  # B 0.2500000 0.0000000 0.7500000 0.0000000
  # C 0.6666667 0.0000000 0.0000000 0.3333333
  # D 0.0000000 1.0000000 0.0000000 0.0000000

Answer 2

由于您提到您知道如何使用statetable.msm，因此可以使用以下方法将数据转换为可处理的表单：

dd <- c('A-B-C-D', 'A-B-C-A', 'A-B-A-B')

以破折号分割并按列排列：

d2 <- data.frame(do.call(cbind,strsplit(dd,"-")))

排列数据框，按顺序标识：

d3 <- tidyr::gather(d2)

构建转换矩阵：

statetable.msm(value,key,data=d3)

在r建立马尔可夫链

2 个答案: