如何使用imageJ合并不同的通道并进行z堆栈平均

Question

我有10个tiff文件，每个文件包含两个通道的成像数据，我想为两个通道标注不同的颜色，然后进行z投影，谁知道怎么做？

Answer 1

首先，让自己熟悉ImageJ显示pseudocolor and composite images的概念。

使用File > Import > Image Sequence...将tiff文件作为堆栈打开。 您可能需要使用Image > Hyperstacks > Stack to Hyperstack...将堆栈转换为2通道10切片超级堆栈。 然后使用Image > Stacks > Z Project...创建z投影。

执行这些命令时使用macro recorder将为您提供代码（automate任务所需的代码）：

run("Image Sequence...", "open=/path/to/your/files file=tiff sort");
run("Stack to Hyperstack...", "order=xyczt(default) channels=2 slices=10 frames=1 display=Color");
run("Z Project...", "projection=[Average Intensity]");