Question

我有一个约100个切片的灰度图像堆栈。在选定的切片中，我使用手绘工具指示了ROI并添加了测量标签。

我想要做的是生成一个蒙太奇，其中包含所选切片，其中ROI和标签表示为叠加。我尝试制作一个子包，从ROI管理器添加叠加，然后生成蒙太奇，但蒙太奇不显示叠加。我也试过'Flatten'命令，但它需要一个RGB图像。如果我将灰度图像转换为RGB，它会覆盖第一个图像顶部的所有ROI，而不是将它们放在右边的切片上。

关于我如何做到这一点的任何想法？

谢谢！

Answer 1

以下宏代码为ROI经理中的每个ROI创建了展平视图的剪辑：

myTitle = getTitle();
for (i=0; i<roiManager("count"); i++) {
    selectWindow(myTitle);
    roiManager("select", i);
    run("Select None");
    run("Duplicate...", "title=single-slice");
    run("Restore Selection");
    run("Flatten");
    rename("ready-for-stack");
}
run("Images to Stack", "name=Stack title=ready-for-stack use");
selectWindow("Stack");
run("Make Montage...", "scale=1 increment=1 border=1");

要试用它，请将代码粘贴到script editor（Fiji/ImageJ2的一部分）中，然后选择语言＆gt; IJ1宏并按运行。

将ROI轮廓和标签添加到灰度堆栈并创建蒙太奇

1 个答案: