如何在ImageJ中合并不同的堆栈？

Question

我正试图找到一种方法将两个堆栈合并在一起。例如，我正在拍摄一些关于神经元体细胞的60X图像，然后我会以60X为基底树突采集另一个图像。那我怎么把它们组合在一起呢？

Answer 1

组合堆栈

您可能想要的是创建合成图像，每个图像堆栈形成组合多通道图像中的一个通道。您可以使用Merge Channels命令执行此操作：

单独打开每个图像堆栈，然后运行Image＆gt;堆栈＆gt;合并频道...，将每个图像堆栈分配到所需的频道。结果将是每个相应平面的合成。

或者，如果你的意思是以某种数学方式合并每个平面（虽然我猜不是），Image Calculator命令可以使用各种操作组合两个堆栈：

图像注册/对齐

我也猜测你的图片需要首先进行核心注册，特别是因为你用alignment标记了这个问题。

ImageJ的Fiji发行版有几个不错的工具，包括：

• Align Image by line ROI（简单/简单/快速）
• Landmark Correspondences和BUnwarpJ（发烧友）
• TrakEM2（强大的重型解决方案）
• StackReg也很受欢迎

有关其他选项，请参阅Fiji wiki。

Answer 2

打开所有的“迷你堆栈”后， 去： 图片>堆栈>工具>连接

Answer 3

我不确定你的意思是结合。

合并通道创建一个复合体，其中soma堆栈为一种颜色，而树枝状聚合体为另一种颜色。

如果你想让树枝在躯体旁边（做一个拼接的马赛克），你可以使用Stacks下的“Combine”命令。您必须确保用于组合的边的尺寸相同。也就是说，您可以垂直组合512x512图像和512 x 128图像，并且可以水平组合512x512和128x512图像。

如果要在第一个堆栈的末尾添加第二个堆栈，请在堆栈下使用“连接”。

Answer 4

覆盖荧光和DIC

1. 在ImageJ中打开图像
2. 如果需要，请调整对比度：Image / Adjust / BrightnessConstrast
3. 更改或检查所有图像均为8位格式。图像/类型/ 8位
4. 将出现图像/颜色/合并频道和合并频道框
5. 选择适当的R，G和B通道中的荧光图像以及灰色通道中的DIC或类似图像。选择“创建合成”并单击“确定”
6. 点击新的“复合”图片将其激活
7. 图像/类型/ RGB颜色
8. 将其另存为“Tiff”文件

Answer 5

我想您要做的是以下几点：