对R中的Agilent微阵列数据应用VSN标准化方法

Question

我正在使用单通道安捷伦微阵列数据进行基因表达。使用R.阅读原始数据后，我想用VSN或vsnrma标准化方法对其进行标准化。这是我申请的代码 -

 targets<-readTargets("Targets.txt",sep="")
 x <- read.maimages(targets$FileName, source="agilent.median", green.only=TRUE)
 y <- normalizeBetweenArrays(x, method="vsn")

但在运行第3行后，我收到此错误消息 -

Error in normalizeBetweenArrays(x, method = "vsn") : 
vsn method no longer supported. Please use normalizeVSN instead.

知道这意味着什么，我该如何解决这个问题？ 提前谢谢。

Answer 1

有一个独立的功能。使用以下代码：

y <- normalizeVSN(x)