Question

我是RNAseq的新手，我开始使用Limma包中的edgeR，DESeq和Voom进行差异分析。

我有30对正常和肿瘤组织的数据框架

由于每种方法都不同并给出不同的结果，我想根据我使用的方法对每对夫妇进行散点图。我想绘制完全用于测试的数据。

有没有办法为3种方法中的每种方法执行此操作，如果是，如何？

由于

Answer 1

DESeq2具有准确绘制您要查找的内容的功能（参见手册第6节）：

par( mfrow = c( 1, 2 ) )
plot( log2( 1+counts(dds, normalized=TRUE)[, 1:2] ), col="#00000020", pch=20, cex=0.3 )

另一种选择是将每个包中的数据导出为csv用于制作比较方法的图。您可以使用晶格包来制作图。下面是一个示例，您可以运行并查看如何设置数据框以绘制它。

#To do for one package at time:
attach(mtcars)
plot(wt, mpg, main="Scatterplot Example", 
    xlab="Car Weight ", ylab="Miles Per Gallon ", pch=19)

# Scatterplot Matrices from the lattice Package -  to compare all 3 packages 
library(lattice)
splom(mtcars[c(1,3,5,6)], groups=cyl, data=mtcars,
    panel=panel.superpose, 
   key=list(title="Three Cylinder Options",
   columns=3,
   points=list(pch=super.sym$pch[1:3],
   col=super.sym$col[1:3]),
   text=list(c("4 Cylinder","6 Cylinder","8 Cylinder"))))

这只是一个例子。如果您有数据或样本数据集，则可以共享它，并且更容易解释如何绘制它。

带有edgeR DESeq Voom的散点图

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