DESeq公式nbinomTest出错

时间:2016-08-10 14:14:37

标签: r bioconductor

我使用DESeq包来分析RNA测序数据。我只有一次复制和两次治疗。我的代码是:

data <- read.csv()

metadata <- data.frame(row.names = colnames(data), condition =c("treated", "untreated"))

cds2 <- newCountDataSet( countData = data, conditions = metadata )

cds2 <- estimateSizeFactors(cds2)

counts( cds2, normalized=TRUE )

cds2 <- estimateDispersions(cds2, method="blind", sharingMode="fit-only")

res <- nbinomTest(cds2, "treated", "untreated" )

一切正常,直到我打电话给#34;估计分散&#34;。但是,功能&#34; nbinomTest&#34;给了我这个错误:

if(dispTable(cds)[condA] ==&#34; blind&#34; || dispTable(cds)[condB] ==时出错   缺少需要TRUE / FALSE的值

我找到了一些关于此错误的文档,但答案对我没有帮助。我使用R版本3.1.2(2014-10-31)。

有人可以帮助解决我的问题吗?

干杯!

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