如何在pymol / python中传递错误？

Question

我试图使用python脚本找到pymol中蛋白质残基之间的距离，该脚本调用pymol命令cmd.get_distance。但是，有时会有多个原子分配，这会导致错误：

GetDistance-Error: Selection 2 doesn't contain a single atom/vertex.

我想跳过有这个问题的网站，所以我尝试使用try / pass：

try:
    cmd.get_distance(atom2)
except GetDistance-Error:
    pass

然而，它告诉我没有这样的错误消息：

NameError: global name 'GetDistance' is not defined.

如何告诉它传递此错误？是不是GetDistance - 错误错误？

Answer 1

我偶然发现了同样的问题。我想从pymols cmd.get_distance中捕获错误。就我而言，一个（或两个）选择根本不包含原子（而不是2）。

此答案不会阐明pymol脚本中的处理错误，但可以解决问题本身。

因此，您不必检查错误，而是可以检查选择中是否恰好有1个原子。

错误代码：

PyMOL>dist = cmd.get_distance("///A/44/CA","///A/60/CA")
GetDistance-Error: Selection 1 doesn't contain a single atom/vertex.

优化代码：

PyMOL>p1 = cmd.select("p1","///A/44/CA")
PyMOL>p2 = cmd.select("p2","///A/60/CA")
PyMOL>dist = "N/A"
PyMOL>if p1 == 1 and p2 == 1: dist = cmd.get_distance("p1","p2")

因此，您不必检查错误，而是要检查get_distance命令的要求（每个选择一个原子）。如果运行连续代码，则需要dist =“ N / A”，否则将错误地获取距离的最后一个分配。