Question

Here表示该脚本应该在pymol命令行中使用。我想在阅读this后使用循环输出许多距离。但是我收到了错误消息：

File "<string>", line 1
    for i in range(resi_total_n):
                                ^
SyntaxError: unexpected EOF while parsing

我的代码是：

from pymol import cmd
mol_name='name'
resi=10 # the target residue number
resi_total_n=500 # the total residue number

f=open('dist.txt','w')
resi_n=0
for i in range(resi_total_n):
    resi_n += 1
    dst=cmd.distance('tmp',mol_name+'///'+str(resi)+'/ca',mol_name+'///'+str(resi_n)+'/ca') #the alpha carbon
    f.write("%8.3f\n"%dst)
f.close()

Answer 1

Here我找到了答案：

在尝试编程时，最好坚持使用Python。保存以下为script.py并使用Pymol中的run script.py或只需发出pymol script.py

Answer 2

您不需要将脚本作为单独的文件运行。您可以将for循环全部放在一行上，例如

运行此代码时：

for c in chains:
    print c

您收到此错误：

File "toplevel", line 1
for c in chains:
               ^

SyntaxError: unexpected EOF while parsing

但是如果您写：

for c in chains: print(c)

提供输出

A
B
C
D

如何在pymol命令行中启用python循环？

2 个答案: