通量模拟器基因组数据处理

时间:2014-10-29 13:31:33

标签: bioinformatics fasta genome

我正致力于将基因组/ gtf数据转换为FASTA文件格式。我正在使用助焊剂模拟器。来自磁通模拟器的演示示例没有任何问题。 之后,我从http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.htmlhttps://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?command=start下载了基因组和gtf数据。

但是在运行鼠标(mm9)gtf时,它根本不起作用并显示错误: [ERROR]加载统计信息时出错:找不到字段5 java.lang.IllegalArgumentException:找不到字段5

我还试图为" fly"运行通量模拟器。基因组中。

我收到了这个错误: [INFO]加载默认PCR分布         准备成绩单序列**错误 [ERROR]准备序列时出错: [ERROR]分段时出错:读取序列的问题chr2L:pos 22877860,len 82, 检查染色体序列是否存在/具有正确的大小 java.lang.RuntimeException:读取序列chr2L的问题:pos 22877860,len 82,

您能告诉我们如何解决这些问题吗?

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