我想下载源自微阵列实验产生的基因表达数据。我不太了解这个主题，但据我所知，行通常对应于基因，列对应于样本。理想情况下，我期待一个基因表达数据矩阵。
我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这些数据，但当我实际上下载数据时，我没有得到基因表达的矩阵。有人可以告诉我，如果有一个地方或如何以我期望的格式下载基因表达数据？
感谢任何帮助。
答案 0 :(得分：6)
如果你看一下，例如this entry中的Gene Expression Omnibus，其中一种文件格式为“TXT”，并包含一些类似于您要求的矩阵。
答案 1 :(得分：5)
原则上，微阵列数据可以表示（请原谅双关语）作为矩阵，样本作为列和行作为基因。实际上，为实验的原始数据导出这样的表示会更复杂一些。如果您只是获得预处理数据集，则几乎无法保证原始数据的处理方式与其他实验相当，或者基础原始数据的质量足够高。
您还需要高质量的元数据来从数据矩阵中获取任何含义。样品来源的生物条件和来源是什么？使用的特定阵列上的探针对应于哪些基因？ （注意，9890_at是“探针组id”，是特定序列设计的分子探针的唯一标识符，然后需要将其映射到基因，同一基因的不同探针不会给出完全相同的响应。）
因此，除了处理后的数据矩阵之外，公共微阵列数据库还提供了许多附加信息。除了已提及的GEO之外，我建议ArrayExpress我认为它具有更好的搜索界面。
使用微阵列数据的首选工具是用于统计编程语言bioconductor的R软件套件。
Bioconductor提供API以下载来自两个存储库的附带元数据的原始数据，请参阅GEO bioc package和ArrayExpress bioc package。
与大多数bioconductor软件一样，这两个软件包都带有引入软件的出色“小插曲”： GEO bioc vignette和 Arrayexpress bioc vignette
这些小插曲还应该为您提供获取原始数据并从原始数据中导出“Esets”（表达式集）的示例。此时，您可以访问bioconductor Eset对象中的基因表达矩阵，并且您有一个对象和API来询问必要的元数据。
请注意，有不同类型的微阵列。我建议从Affymetrix数组开始，因为它们可能是最简单的分析API。