我在生物信息学方面相对较新，需要从RNA-seq结果中生成覆盖图。
从基因组比对的RNA-seq结果（tophat比对），我能够生成一个Bed（或txt）文件，指示序列读取的基因组位置来自coveragebed来自bedtools的命令3}}。在这种情况下，我专门选择外显子区域作为我的实验目的。
现在，使用fread提供的data.table函数作为＆＃34; data.frame＆＃34;
，在R中导入了结果文件（一个~4gb大小的巨大表格）为了生成单个基因的覆盖图，我搜索了一个名为＆＃34; Actb＆＃34;以第8列（V8）为例，这就是数据的组织方式：
Actb.coverage <-["Actb"]
V8 V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V9 V10 V111：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 1 0
2：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 2 0
3：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 3 0
4：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 4 0
-
1879：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 70 0
1880：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 71 0
1881：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 72 0
每行代表一个核苷酸
因此，在这个简化表中，第0列（没有标签）显示它总共1881行（意味着Actb基因由1881个外显子核苷酸组成）
和下一个V8列是基因名称，V1~V3是染色体ID和V5和V6列中每个给定特征的起始和终止位点（即utr3,0表示前3＆＃39; UTR外显子）。
V7是（ - ）并且指示基因的方向是3＆＃39; - ＆GT; 5＆＃39;在基因组中结束。
V11列包含coveragebed在给定核苷酸中生成的读数计数信息（这就是我想要的）。它们在本表中为0，因为此前显示的前四个核苷酸和最后三个核苷酸没有覆盖。
问题1
因此，为了生成简单的覆盖图，我可以绘制从1到1881的x轴编号，y轴是对应于V11的值，如下所示：
情节（Actb.coverage [，V0]，Actb.coverage [，V11]） 但正如您所看到的，第一列V0没有列名，所以我需要替代解决方案
问题2
当这种方法有效时，我想添加更多选项
是否可以根据第5列（V5）和第6列（V6）细分x轴？
例如，长度的1881个核苷酸被分成几个
utr3（V5）-0（V6），
utr3-1
CDS-0
CDS-1
CDS-2
。
。
。
utr5-0
utr5-1
utr5-2
utr5-3
utr5-4
utr5-5
每个特征长度通过从V3的值到V2列的值的简单减法来确定。
结果图应该与问题1中的图相同，但是我想添加那些子划分的特征以及x轴
我觉得应该可以，但我不知道如何实现这一目标。 我寻求你的帮助
非常感谢
GDY