Question

我正在尝试使用pymol从pdb文件中绘制蛋白质结构。

然而，当我尝试运行下面的脚本时，会打开一个pymol窗口，但它只是漆黑一片。另外，奇怪的是，pdb文件输出到shell。

这是我的代码：

bioservices_pdb_obj = PDB()
pdb_file = bioservices_pdb_obj.getFile(results[str(Brick.part_attrib(self,'uniprot_id'))][detail-1],'pdb')
pdb_name = str(Brick.part_attrib(self,'uniprot_id'))
pymol.finish_launching()                
pymol.cmd.load(pdb_file, pdb_name)
pymol.cmd.disable("all")
pymol.cmd.enable(pdb_name)
pymol.cmd.png("my_pdb.png")
pymol.cmd.quit()

有谁知道这里发生了什么？

.png文件'my_pdb'被转储到工作目录中，但它也只是黑色。

Answer 1

其他任何PDB文件都会发生这种情况吗？如果是，您可以尝试使用cmd.mpng（）函数进行解决方法。如果cmd.png（）函数不起作用，也可以在其他上下文中使用此函数，例如在命令行模式下使用PyMOL时。

import pymol
from pymol import cmd
import os
pymol.finish_launching()                
cmd.set('ray_trace_frames', 1)  # Frames are raytraced before saving an image.

def pnghack(filepath, width=1024, height=768):
"""Workaround if cmd.png() doesn't work"""
    cmd.viewport(width, height)  # Set resolution
    cmd.mpng(filepath, 1, 1)  # Use batch png mode with 1 frame only
    cmd.mplay()  # cmd.mpng needs the animation to 'run'

cmd.load(pdb_file, pdb_name)
cmd.disable("all")
cmd.enable(pdb_name)
pnghack("my_pdb.png")
cmd.quit()

请注意，生成的png文件名为“my_pdb0001.png”，因为cmd.mpng（）函数始终添加framenumber。

Pymol不输出图像

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