我想从原始肽序列（pdb文件）开始，通过它们的侧链在两个残基之间产生内酰胺桥（肽键）。我使用了PYMOL“bond”和“fuse”这两个函数来形成这种结合。 “债券”工作正常，但一旦我重新打开文件（我的意思是“稳定”），债券就不再存在了。 “Fuse”根本没有显示出这种联系。
选择残留物 PYMOL＆GT;债券pk1，pk2 或PYMOL＆gt;保险丝pk1，pk2
有什么建议吗？
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Pymol不会自动将数据保存回pdb文件。保存Pymol所有状态的简单方法是编写.pse文件。要创建具有将在Pymol中显示的任意键的pdb文件，您可以添加CONECT记录。要执行此操作，您只需使用文本编辑器打开pdb文件，然后手动添加记录。