Question

我想获得Pymol（phi，psi，chi1，chi2，chi3，chi4）中蛋白质的所有二面角，但我只能设法找到能够显示phi和psi的函数。

例如：

 PyMOL>phi_psi 1a11
 SER-2:    (   67.5,  172.8 )
 GLU-3:    (  -59.6,  -19.4 )
 LYS-4:    (  -66.4,  -61.7 )
 MET-5:    (  -64.1,  -17.9 )
 SER-6:    (  -78.3,  -33.7 )
 THR-7:    (  -84.0,  -18.1 )
 ALA-8:    (  -85.7,  -40.8 )
 ILE-9:    (  -75.1,  -30.8 )
 SER-10:   (  -77.6,  -47.0 )
 VAL-11:   (  -61.3,  -27.4 )
 LEU-12:   (  -60.7,  -47.5 )
 LEU-13:   (  -71.1,  -38.6 )
 ALA-14:   (  -46.2,  -50.7 )
 GLN-15:   (  -69.1,  -47.4 )
 ALA-16:   (  -41.9,  -52.6 )
 VAL-17:   (  -82.6,  -23.7 )
 PHE-18:   (  -53.4,  -63.4 )
 LEU-19:   (  -61.2,  -30.4 )
 LEU-20:   (  -61.1,  -32.3 )
 LEU-21:   (  -80.6,  -60.1 )
 THR-22:   (  -45.9,  -34.4 )
 SER-23:   (  -74.5,  -47.8 )
 GLN-24:   (  -83.5,   11.0 )

缺少手性角度。有谁知道如何获得所有二面角？

非常感谢！

Answer 1

您可以使用get_dihedral获得任意二面角。创建四个选项，每个选项都有一个原子，然后像这样使用它：

get_dihedral s1, s2, s3, s4

它以cmd.get_dihedral()的形式向Python API公开。我建议编写一个Python脚本，使用此函数和cmd.iterate（）来循环残留。创建一个dict，这样你就可以在每个残基上查找定义chi角的原子四元组列表。

Answer 2

您可以在R中轻松完成。这是包含有关如何计算主链和侧链扭转/二面角的信息的链接： http://thegrantlab.org/bio3d/html/torsion.pdb.html

但首先你需要为R安装Bio3D软件包：http://thegrantlab.org/bio3d/download

安装软件包后，在R控制台提示符下键入library（bio3d）加载它。

>library(bio3d)

这个R脚本回答了你的问题。

getwd()   #returns the file path of the current working directory
pb <- read.pdb("PDB ID")    #fetches the pdb file and saves to pb data frame
tor <- torsion.pdb(pb)    #calculates the torsion angles of the protein and save to tor
angle <- tor$tbl    #creates a table of the torsion angle
write.table(angle, file = "torsion_angles.txt", quote = F, sep = "\t")    #writes out the table to a file

保存在工作目录中的输出文件将包含氨基酸残基数字及其对应的phi，psi，chi1，chi2，chi3，chi4和chi5角度的表格。希望这有帮助！

在Pymol中获得所有二面角

2 个答案: