我想计算残留物中的所有三个二面角。
Biopython的 calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4)需要四个原子的矢量坐标作为参数，并返回单个值的输出。我不确定输出的三个角度中的哪一个代表。
请建议残差中的哪些原子需要计算哪个角度以及在函数中给出原子坐标的顺序。
答案 0 :(得分：3)
二面角沿着原子2和3在四个原子1,2,3和4的链中“扭曲”。
在Ramachandran图中使用两个二面角psi和phi，在Biopython中使用它们很容易 - 见http://www.warwick.ac.uk/go/peter_cock/python/ramachandran/calculate/
您正在寻找三个角度？
答案 1 :(得分：1)
我们只需要骨架原子N，CA，C。所以对于蛋白质链，我们得到N，CA， C，N，CA，C ，N，CA，C，N，CA，C。
我们需要在平面中定义它们，以找出我们需要两个平面的角度（plane1：C，N，CA）（plane2：N，CA，C）。我们忽略了N，CA的第一个残留物。只考虑粗体原子。所以你提交了粗体原子（一个残基的3个原子和第二个残基的第4个原子。）我不知道欧米茄。