在Pymol中使用鼠标改变二面角

Question

有没有人知道在pymol中使用鼠标改变phi / psi / omega角度的方法？

我知道命令： Set_dihdral但想用鼠标玩二面角。

谢谢你， 史蒂夫

Answer 1

你可以。我建议你首先将可视化更改为“球和棒”（动作＆gt;预设＆gt;球和棒），然后隐藏侧链（隐藏＆gt;侧链）。

然后单击包含模式按钮信息的区域（如上所示）。它会将鼠标模式更改为3按钮编辑。

最后，按CTRL +右键单击要更改的角度并完成。

HTH

Answer 2

我在PyMOL中没有看过这个，但高斯有这样的功能。您可以使用滑动条设置键长，角度和二面角，并观察它们的实时更新。

我以前用过这个来编辑PDB文件，但我偶尔只需要这样做。

编辑：Chimera也可以这样做，它比高斯更适合大分子。按住Ctrl双击键，然后按工具＆gt;结构编辑＆gt;调整扭力

更新：我刚刚想出如何在PyMOL中执行此操作。向导＆gt;雕刻，点击包含感兴趣的扭转角度的残留物，然后在右下方的雕刻菜单中更改＆＃34;残留物壳＆＃34;到＆＃34; One Residue＆＃34;，现在按住键右键单击一个键然后按住Ctrl键并单击并拖动以更改扭转角度。您可能想要更改Build＆gt;中的设置。雕刻＆gt;约束

Answer 3

Pymol Tips：

Ctrl right 点击一个键来了解 dihedral / torsion 角度。

Ctrl left 单击并拖动以更改 dihedral / torsion 角度。

设置二面角/扭转角的命令：

set_dihedral atom1_name, atom2_name, atom3_name, atom4_name, angle

示例：

set_dihedral 23/CA, 23/C, 24/N, 24/CH3, 60