解析支持向量机的pdb

Question

我正在使用python研究SVM（支持向量机）。

我的输入是pdb文件。我已经看到了一些采用数据集的例子。但是，在我的情况下，我想解析protien（.pdb文件）的3d结构。

如何从pdb获取svm？

Answer 1

SVMa旨在使用数字。蛋白质3d结构远非如此。几种可能的选择：

• 创建某种固定长度的数字表示，这在化学信息学中称为 fingerpint ，并且包括许多现有方法，即。 KlekotaFP; PubChemFP，subFP等。
• 使用为这种结构开发的custrom内核（如带标签的图形），其中一个内核是用于化学信息学的图形内核，即。 chemcpp
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