Question

大家好，我目前在带有Bioconductor v2.13的debian服务器上运行R 3.0.2。我的问题很简单，虽然通过互联网搜索没有给我一个明确的答案：

如何从R 3.0.2降级。到R 2-15？

考虑到我保留R 3.0.2如何将Bioconductor降级到v2.12？

提前谢谢你，

Answer 1

通常，Bioconductor设计用于特定版本的R，因此无法保证使用旧版本的Bioconductor（或任何R软件包）与更新版本的R更好。在Bioconductor上提出有关Bioconductor包的问题mailing list。可能你所说的是你当前的Bioconductor安装存在一些问题，而你真正做得更好的就是解决这个问题。

查看installed.packages()的LibPath，并与.libPaths()的输出进行比较。我有

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1)
                                                   affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
> .libPaths()
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library"

好消息！我的所有Bioc包都在特定的库中。然后我可以安排（参见?.libPaths）以指向Bioc 2.12包的新位置的.libPaths启动R，例如，

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R

然后显式安装我想要使用的BiocInstaller包的版本，例如

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc")

和library(BiocInstaller); biocLite()一样。

如果我的Bioconductor软件包安装在R主目录中，那么我remove.packages()而不是设置.libPaths()，或者我运行BiocInstaller::biocValid()并按照指示进行还原“太新的“包裹。”

降级R版和R封装Bioconductor

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