Question

我想使用的当前版本的包在bioconductor上失败了。然而，旧版本曾经工作过。
我想知道如何安装特定版本的bioconductor包？
提前谢谢。

就我而言，该软件包名为biomaRt，失败版本为2.34.2，而2.34.0成功。

Answer 1

尝试在repos = c("https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc", "other CRAN repos that might be needed")调用中添加install.packages选项，以安装以前版本的Bioconductor软件包。建议不要从tar.gz存档中安装特定版本，因为您可能在Bioconductor安装中最终使用了不兼容的软件包。

Answer 2

我想要的DESeq2软件包的版本是1.24，位于Bioconductor 3.9版中。 Bioconductor的当前发行版本为3.10，DESeq2版本为1.26。

执行BiocManager::install("DESeq2")将产生版本1.26。要获得所需的版本，我必须使用

安装与Bioconductor 3.9版兼容的软件包

BiocManager::install(version = "3.9")

然后

BiocManager::install("DESeq2", version = "3.9")

这来自我的sessionInfo()的一部分。请注意DESeq2的正确版本。

> sessionInfo()
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora 31 (Workstation Edition)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=sl_SI.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=sl_SI.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=sl_SI.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=sl_SI.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

other attached packages:
 [1] data.table_1.13.2           DESeq2_1.24.0               SummarizedExperiment_1.14.1 DelayedArray_0.10.0        
 [5] BiocParallel_1.18.1         matrixStats_0.57.0          Biobase_2.44.0              GenomicRanges_1.36.1       
 [9] GenomeInfoDb_1.20.0         IRanges_2.18.3              S4Vectors_0.22.1            BiocGenerics_0.30.0

Answer 3

Bioconductor将包档案存储在此处：https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/Archive/

1）找到并下载您要安装的版本。
2）使用R CMD安装yourpackage_version_x.y.z.tar.gz作为安装它 EugèneAdell在评论中提出的建议。
如果您在bioconductor存档上找不到特定版本，请尝试在包的github存储库中找到它。

R如何安装指定版本的bioconductor包？

3 个答案: