我正在通过互联网进行通信的电台工作。是否可以安装R CMD INSTALL的Bioconductor? Bioconductor网站上没有记录此类安装,我也没有找到有关此主题的任何信息。
答案 0 :(得分:2)
另一个答案是given by Kasper Daniel Hansen on the BioC mailing list(另见the final code)。我们的想法是在具有Internet访问权限的计算机上安装BiocInstaller
以下载磁盘上的软件包,然后在没有Internet访问权限的情况下以正确的顺序安装它们。
答案 1 :(得分:1)
最简单的方法是在相同类型的机器上安装软件包(相同的R版本,架构(32/64位),操作系统),并将库复制到另一台机器上。请查看R's Add-on documentation以查看存储库的位置。
答案 2 :(得分:0)
您可以在您的机构制作Bioconductor镜像:
答案 3 :(得分:0)
我通过电子邮件向Bioconductor的人们发送了关于在没有互联网的情况下安装RBGL软件包的电子邮件,并得到了快速而有用的回复。所以我想我会分享:
使用此处描述的技术的修改版本: Listing R Package Dependencies Without Installing Packages
您最终可以获得所需的所有包的列表 运行RBGL和图形(递归依赖)。结果证明是这样的 RGBL和图形本身加上一个额外的包,BiocGenerics。
您可以从其包裹着陆页下载这些包,例如 对于BiocGenerics:
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocGenerics.html
这假设您正在运行R 3.0.x并将使用Bioconductor 2.13。如果您使用的是其他版本的Bioconductor,请更改上述网址中的“发布”以匹配其版本号。
从本页的“软件包下载”部分,安装 适当的包版本。为图和RBGL和。做这个 好吧,将这三个文件复制到目标机器并运行(在 此命令)R CMD INSTALL BiocGenerics_ * R CMD INSTALL graph_ * R CMD 安装RBGL _ *
然后你应该被设置。
另一件需要考虑的事情是在里面装一个Bioconductor镜子 你机构的防火墙(你需要托管一个CRAN镜像 好)。这是安装几个包的很多工作, 虽然。
其中一些特定于RBGL软件包,但这里有足够的信息对于任何试图安装Bioconductor软件包的人来说通常都很有用。