我有以下探针列表(来自鼠标),
1460644_at
1460645_at
1460646_at
1460647_a_at
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1460653_at
1460654_at
1460655_a_at
1460656_a_at
1460657_at
1460658_at
1460659_at
1460660_x_at
1460661_at
可以在此处找到更长的列表:http://dpaste.com/1371949/plain/
我想要做的是使用R将基因符号转换为该名称。 有什么办法呢?
我试过了但是失败了
#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("hgu95av2.db")
# biocLite("affy")
library(hgu95av2.db)
library(affy)
dat<-read.table("http://dpaste.com/1371949/plain/")
probes<-as.vector(as.matrix(dat))
Symbols = unlist(mget(probes, hgu95av2SYMBOL, ifnotfound=NA))
# all returns NA
更新:我尝试过BioMart,但无济于事:
library(biomaRt)
dat<-read.table("http://dpaste.com/1371949/plain/")
probes<-as.vector(as.matrix(dat))
mouse = useMart("ensembl", dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
g = getGene( id = probes, type = "affy_mg_u74av2", mart = mouse)
show(g)
它打印出Ensembl基因id(例如,INSMUSG00000057666)