Question

我正在使用cummeRbund，这是一个用于Cufflinks高通量测序数据的R可视化软件包。

我想创建一个基因集，以便能够分析我感兴趣的差异表达的基因。这就是手册所暗示的：

> data(sampleData)
> myGeneIds<-sampleIDs
> myGeneIds

 [1] "XLOC_001363" "XLOC_001297" "XLOC_001339" "XLOC_000132"
 [5] "XLOC_001265" "XLOC_000151" "XLOC_001359" "XLOC_000069"
 [9] "XLOC_000170" "XLOC_000105" "XLOC_001262" "XLOC_001348"
[13] "XLOC_001411" "XLOC_001369" "XLOC_000158" "XLOC_001370"
[17] "XLOC_001263" "XLOC_000115" "XLOC_000089" "XLOC_001240"

> myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds)

其中sampleID是'gene_id'或'gene_short_name'值的载体，用于识别我想要选择的基因。

我用我的基因做了一个正常的.txt文件，看起来像这样：

"XLOC_000012"
"XLOC_000033"
"XLOC_000071"
"XLOC_000080"
"XLOC_000081"
"XLOC_000102"
"XLOC_000105"
"XLOC_000113"
"XLOC_000156"
"XLOC_000191"
"XLOC_000212"
"XLOC_000229"
"XLOC_000230"
"XLOC_000241"
"XLOC_000242"
"XLOC_000293"
"XLOC_000294"
"XLOC_000328"
"XLOC_000356"
"XLOC_000398"
"XLOC_000417"
"XLOC_000434"
"XLOC_000442"
etc...

然后，在R中，我运行这些命令：

myGeneIds<-read.table("my txt file")
myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds)
> myGenes
CuffGeneSet instance for  1  genes

我得到的只是对txt文件中第一个基因的分析。但是我在txt文件中有577个基因。

如何使用我的gene_id制作载体以使cummeRbund正常工作？

Answer 1

getGenes需要一个向量，但即使你的文本文件只有一个列，read.table也会返回一个data.frame。这应该可以解决问题：

myGeneIds<-read.table("my txt file") 
myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds[ ,1])

cummeRbund创建基因集

1 个答案: