我正在使用来自RNA-Seq分析的cuffdiff文件在cummerbund工作。我制作了一个有两个条件的散点图，但我想看看我的数据的相关值。可能吗？有命令这样做吗？任何的想法？谢谢！
答案 0 :(得分：1)
我搜索去相关并发现没有什么重要的我猜你的意思是相关性。
您正在寻找cor功能。只需输入？cor进入r即可获得信息。这是一个例子。
> cor(1:5,1:5)
[1] 1
> cor(1:5,5:1)
[1] -1
答案 1 :(得分：0)
这是从seqanswers主题获取的相同内容。
假设您的工作目录包含cuffdiff输出的目录，例如cuffdiff_out。然后，您可以运行此命令以查找FPKM值的相关性。
cuff_data <- readCufflinks("cuffdiff_out/")
m <- fpkmMatrix(genes(cuff_data))
cor(m[, 1], m[, 2])