cummeRbund创建基因集错误

Question

我在使用cummeRbund（用于分析袖扣，袖带输出的R软件）创建基因集时遇到了麻烦。

我一直在使用可以找到的cummeRbund手册here这些指示已经开始，直到创建基因集为止。

在创建基因组之前，您需要创建一个包含的gene_ids载体。在示例中，它们将此列表中的每个项目用引号括起来。我创建了一个名为OtoSCOPE_v7_list_oneline.txt的gene_ids .txt文件，此列表中的前4个条目如下所示。

“Adcy1” “Bdp1” “Bsnd” “Cabp2”

以下是我一直使用的脚本的创建基因集部分。

###################################
# Creating Gene Sets
###################################
#first created a vector of gene_ids that you want included in your gene set
base_dir <- "/Users/paulranum/Documents/cummeRbund"
otoscope_genes <- read.table(file.path(base_dir, "OtoSCOPE_v7_list_oneline.txt"), stringsAsFactors=FALSE)

data(cuff)
myGeneIds<-otoscope_genes
myGeneIds
myGenes<-getGenes(cuff, myGeneIds)
myGenes

当我运行时，我得到以下输出和错误。

> data(cuff)
Warning message:
In data(cuff) : data set 'cuff' not found
> myGeneIds<-otoscope_genes
> myGeneIds
       V1     V2     V3      V4      
1 “Adcy1” “Bdp1” “Bsnd” “Cabp2” 
> myGenes<-getGenes(cuff, myGeneIds)
Error in rsqlite_send_query(conn@ptr, statement) : 
  cannot start a transaction within a transaction
> myGenes
Error: object 'myGenes' not found

据我所知，有两个主要问题正在发生。

1. 它无法识别我的数据（袖带）命令。 cuff是我的CuffSet数据文件的名称，该文件已用于其他所有内容。这不是正确的数据文件吗？
2. myGenes＆lt; -getGenes（cuff，myGeneIds）命令后的错误：

  

rsqlite_send_query中的错误（conn @ptr，statement）：无法启动a   交易中的交易

感谢阅读任何帮助将非常感谢。