从重复中创建独特的基因符号

时间:2018-10-02 16:08:26

标签: r duplicates

我正在尝试从我的微阵列基因表达数据中绘制热图,但是我面临的第一个问题是基因名称重复,这是由于同一基因的探针不同所致。我正在尝试使用make.unique函数来克服此问题,但是它似乎不起作用。

csv imported test file

数据:

GeneSymbol  condition1  condition 2
PSMC3IP -1.730164   -1.7664022
TTC9B   -2.1763902  -0.6788232
IKBIP   -1.825111   -1.8972183
SNORD1A -2.369099   -1.4809153
MAP3K7CL    -1.2544763  -0.9669142
XLOC_l2_009285  1.048044    0.81355345
SV2C    -1.1569825  0.27152076
ETV4    -1.649514   -1.7304494
lnc-GPX1-1  -1.5370686  -1.0416725
LOC102725343    -1.3401815  -0.8997946
HORMAD1 -1.5250344  -0.20604166
PSMC3IP -1.5002136  -1.6944227
TTC9B   -1.3653355  -0.93822885
IKBIP   3.4128006   -0.20947957
SNORD1A -1.1138401  -0.5385263
MAP3K7CL    -1.8324952  -2.1460814
XLOC_l2_009285  -1.5002136  -1.6944227
SV2C    -1.3653355  -0.93822885
ETV4    3.4128006   -0.20947957
lnc-GPX1-1  -1.1138401  -0.5385263
LOC102725343    -1.8324952  -2.1460814
HORMAD1 -1.8324952  -2.1460814

我的尝试:

make.unique(test$GeneSymbol)

duplicated(test$GeneSymbol)
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[20]  TRUE  TRUE  TRUE

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