Question

我正在尝试使用素食包在R中执行NMDS，该数据集具有作为列和物种计数为列的图。我的数据采用文本文件格式（制表符分隔），并包含大量“0”种类。但是，当我尝试创建距离矩阵时，我收到以下错误消息：

bray＆lt; - vegdist（data1，method =“bray”）
警告信息： 1：在vegdist中（data1，method =“bray”）：你有空行：他们的不同之处可能在“bray”方法中毫无意义 2：在vegdist中（data1，method =“bray”）：结果中缺少值

这阻止我执行NMDS：

> nmds <- metaMDS(data1, k = 2, 
+           distance = 'bray', autotransform = FALSE)
Error in if (any(dist < -sqrt(.Machine$double.eps))) warning("some dissimilarities are negative -- is this intentional?") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In distfun(comm, method = distance, ...) :
  you have empty rows: their dissimilarities may be meaningless in method “bray”
2: In distfun(comm, method = distance, ...) : missing values in results

我该如何解决这个问题？

感谢您的回答！

Answer 1

有些列只包含0个计数。删除这些使它工作

素食包中的vegdist错误消息

1 个答案: