在Vegan Package中使用Specpool时出现错误消息

时间:2015-12-01 18:29:21

标签: r vegan

我正在尝试计算物种丰富度和chao的一系列网站。但是我不断收到此错误消息:

Error in if (a2 > 0) var.chao[is] <- a1 * ssc * (0.5 + ssc * (1 + aa/4) *  : missing value where TRUE/FALSE needed

我不完全确定错误消息试图暗示的内容。在尝试查找国家/地区的值时,Specpool使用相同的数据集(例如),而不是在我使用网站类别时。

如果需要,我可以提出数据集。

有人有任何想法吗?

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

你有一些案例,每个班级有一个抽样单位。 specpool函数基于存在/不存在数据和采样单元集合中的​​物种频率数。只有一个站点,你不能有频率= 1,而一些索引(Chao,二阶折刀)需要双倍数(=两个采样单元中出现的物种数)。虽然无法通过specpool中的单个抽样单位估算外推丰富度,但应妥善处理此类情况。 github版本的素食主义者现在可以处理这些情况,我已经安排下周发布了素食主义者 2.3-3这个修复程序。现在,一个采样单位案例将返回所有指数的非推断观测物种数,标准误差= 0。

您似乎有一个或两个采样单元的类。虽然可以估算两个抽样单位的外推物种丰富度,但我不相信这样的推断:你需要更大的集合(如果你仔细阅读specpool文档其中引用的文章,你我们可能会发现我们对这些推断并不太信任。)

答案 1 :(得分:0)

我发现了问题所在。我有一个网站,我只记录了一个物种,这使得Chao计算不可能。